Flatpak-Anwendungen laufen in einer sogenannten Sandbox und haben so nur Zugriff auf Ressourcen, die die jeweiligen Anwendungen unbedingt brauchen. So hat z.B. ein Browser wie Firefox als Flatpak nur Zugriff auf die persönlichen Ordner – und kann somit auch nicht z.B. auf einer eingehängten Datenpartition Daten löschen oder verschlüsseln.
https://wiki.ubuntuusers.de/Flatpak/
Nachdem ich GitKraken via Discover in mein Kubuntu installiert habe, konnte ich aus diesem nicht auf /var/www/html zugreifen.
Die Berechtigung für die Gitkraken-Flatpak Anwendung ist aber schnell hinzugefügt:
sudo flatpak override --filesystem=/var/www/html com.axosoft.GitKraken Wen Interesiert wie man Flatpak in Kubuntu und Discover anbindet, hier klicken.